Приблизительно решение я вижу так. Есть "главный" МК, который надо удалённо программировать. Есть "программирующий" МК, в который зашивается (не удалённо) программирующая программа, которая при поступлении команды по радиоканалу выполняет следующие действия:
1) переводит главный МК в режим программирования
2) "захватывает" радиомодуль
3) настраивает радиомодуль (выставляет минимальную скорость)
4) принимает по радиоканалу код программы, проверяет контрольную сумму
5) прошивает главный МК
6) отправляет сообщение об успешной прошивке
7) переводит главный МК в обычный режим

Главный чип - atmega128.
Программирующий - atmega48 (?).

Но не понятно, как это реализовать. Есть где-нибудь готовый код для такого "встроенного" программатора? Чтобы один чип запрограммировал другой?